指挥官专精系统的选择对战斗方式有直接的影响，专精系统在完成主线任务第二场梦后解锁，分为五大流派各自侧重不同方向，需要根据常用的战甲类型和主要参与的战斗内容来决定。泽努里学派是新手最优先考虑的选择，它的核心技能活力冲刺能生成一个持续回复能量的区域，有效解决前期能量短缺的问题，保证技能可以频繁释放。该学派还提供增加能量上限和技能控制效果，比如时缓牵制可以大幅度减速敌人，这种通用性让泽努里适合绝大多数日常任务。

马杜莱学派专注于提升伤害输出，其主动技能虚空重击能让指挥官通过虚空模式叠加伤害倍率，配合增幅器可以快速击破像夜灵这种高价值目标的护盾，该学派的被动技能还能同时增强指挥官和武器的物理和元素伤害。如果战斗风格偏向激进，需要快速处理强力敌人，马杜莱是一个很好的选择。乌奈鲁学派偏向防御与团队辅助，它的核心技能乌奈鲁幽灵可以为队友提供增伤buff，并且在高端战斗中，携带乌奈鲁专精进入虚空模式还能为附近的友军提供高额的伤害减免与隐身效果，显著提升团队在高压环境下的生存能力。

这个学派在夜灵捕获等团队活动中非常受欢迎，纳拉蒙学派主要强化近战作战能力，它能延长近战武器的连击计数并提升暴击收益。对于主要依靠近战武器输出的配置，纳拉蒙能带来可观的伤害提升。其主动技能共鸣尖峰还可以在战斗中额外获取专精点数，瓦扎林学派是治疗专精，其技能愈合之魂可以瞬间复活队友，回春之潮则提供持续的生命恢复。在一些需要顽强生存的防御或救援任务中，瓦扎林能发挥重要的辅助作用。在专精的升级顺序上，初期建议集中资源点满泽努里学派的活力冲刺，稳定的能量供给是其他一切战术的基础。

之后可以根据需求，转向乌奈鲁学派以参与团队的高端战斗，或者投资马杜莱学派来担当输出角色。每个学派内部技能解锁遵循线性路径，需要优先激活核心技能的前置节点。后期还可以通过解绑机制，将某个学派的关键被动技能在其他主学派中生效，但这需要消耗夜灵碎片和大量专精点数。专精点的获取主要是通过将专精棱镜装配在满级的战甲或武器上，用它们击杀敌人来转化经验。装备了夜灵晶体时，高级防御任务和塞德娜歼灭是效率较高的专精获取地点。