开启秘密结社是获得独特强大加成的重要方式，想要接触这些结社，首先需要确保拥有迭起兴衰或风云变幻资料片，这是启用该模式的前提。四个秘密结社各自有独特的触发条件，清除地图上的一个蛮族营地后，有概率会收到血色契约的邀请。当自身单位探访到一个部落村庄时，则有可能引来虚空吟唱者的注目。如果自身单位率先发现了一个自然奇观，黄金黎明学会便会敞开大门。而首次向一个尚未派驻任何使者的城邦派遣使者时，便有机会接触到弥涅耳瓦夜鹰结社。

需要注意的是这些触发都是概率事件，并非每次行动都必定成功。当屏幕上弹出结社发现的提示时，就面临着重要的选择。一旦决定加入其中一个结社，在整场将无法更改，因此需要根据当前的文明和发展战略谨慎挑选。成功加入一个结社后，会立即获得1个总督点数，这个点数既可以用来开启结社的总督升级路线，也可以用于升级原有的总督。

加入结社只是开始，后续的升级才能解锁更强大的能力。每个结社都有四个等级，升级需要在总督界面使用总督点数进行。结社的后续等级并非立即开放，第二级要等到进入中世纪后才会解锁，第三级在工业时代开放，最后一级则要到原子能时代才能使用。这里需要留意时代的判断是基于整体回合进度，而不是科技或文化研究进度。

秘密结社的选择还会影响与其他文明的外交关系，与处于同一结社的文明结盟，每回合获得的同盟点数会额外增加0.25。其他文明的领袖如果和自身属于同一个结社，会对自身有基础的好感度加成，反之如果分属不同结社，则会产生负面印象。提升触发概率最直接的办法就是增加对应行为的次数，比如多清理蛮族营地或多探访几个部落村庄。