刚到三之岛会遇到挡路的暴走族，得先打败他们才能进入树果森林。进入森林后需要清理路上的障碍，要是队伍里有会居合斩或碎岩技能的宝可梦会更顺利，能更快打通路径。往森林左上角走，能找到失踪的小女孩，这时候会触发战斗，对手是37级的索利伯，打赢后就能护送小女孩离开。

送回小女孩后，剧情会自动推进到二之岛，这时候不用特意找路，系统会帮忙传送。到二之岛后去游戏厅找小女孩的父亲对话，交还之前拿到的陨石，还能获得月之石作为奖励。完成这些对话后，返航的航线就解锁了，码头的船会开放往返权限。接下来直接去任何岛屿的码头找海狮号渡轮，和船员对话就能看到目的地列表，选择一之岛或红莲岛就能出发。要是想直接回关都地区，也可以从一之岛的码头转乘去枯叶市的船，这些航线在完成三岛任务后都会全部开放。要是发现码头没有船，得检查是不是漏了剧情步骤。看看树果森林的暴走族是不是没打败，或者没和小女孩父亲完成对话，这些关键剧情没推进的话，船只会一直停在码头不启动。多和岛上的NPC聊聊，他们往往会给出任务提示，能帮自身确认遗漏的环节。

后期完成所有七岛主线后，就能自由往返三之岛了。只要打开背包确认船票还在，随时可以去码头乘船，不用再重复做任务。回去之前可以在三之岛多转一圈，树果森林里有不少稀有树果，右侧山洞里还有隐藏的宝可梦，带上冲浪和怪力技能能挖到不少道具。