舰船配置需要根据游戏阶段、敌人类型和战术需求灵活调整，首先在前期的时候，舰船选择是比较少的，尽可能的多去选择护卫舰。优势方面就是低成本、高闪避，适合早起快速突击和反海盗，武器可以使用高追踪武器，比如说激光炮这种，来克制敌方的护卫舰队。后期的时候可以升级为相位裂解炮，用于镇压太空兽群或者小姑部队，这样反而更能打出来相对的优势来。

然后极速雷击舰，它的定位就是对抗巨型单位，比如说利维坦、灰盅风暴这种，鱼雷对拒收造成800%额外的伤害，可以说是前期最好用的对单伤害类型的武器了。缺点闪避特别的低，需要依赖伏击或者隐身战术，后期的时候容易被淘汰出去，是游戏里面最难跑的几个之一。中后期的时候核心舰船就是驱逐舰、战巡和战列舰，驱逐舰队的特点就是主要是以导弹武器为主，适合中程火力压制，但是需要注意电力的消耗速度，这个是比较吃电的一个舰船。最好还要搭配一下护盾和装甲，在平衡生存的时候还能兼顾一下输出效率，只不过输出的时候很容易就会被给攻击到。战巡的优势就是高火力，可以搭载电弧武器或者导弹，适合对抗肃正协议这种天灾级别的战斗，护航比例就按照1:1或者1:2搭配就好，可以提升舰队的容错率。战列舰方面顶级配置纯电弧战列舰维护费比较低，双穿伤害特别的高，但是需要注意船体循环问题，是游戏里面比较突出的一个战舰。

在对抗虫灾的时候可以换装虫灾导弹，提升针对性输出的效率，特殊舰船方面还有太空兽群，生物舰船这种比较小号食物，刺蜂和蚂蚁这种都是消耗食物比较厉害的，通过生长阶段可以免费升级，适合资源紧张的时候使用。民用舰船工程船和殖民船外观都可以通过机械或者生物舰船自定义，资源小号方面差异比较显著，是游戏里面比较奇特的高性价比舰船。

最后在配置额通用方面，玩家可以根据敌人护甲类型调整，比如说电弧对护甲或者护盾双穿，优先保证电力和合金供应，避免因为维护费导致经济崩溃。玩家在游戏里面前后设置的时候都要格外注意，舰船是最后的星际力量，不要随意舍弃。